No gerenciamento de resíduos sólidos, ações são promovidas com o objetivo de dispor os resíduos de forma ambientalmente adequada. Esta atividade também favorece a reutilização, reciclagem, reuso ou reaproveitamento dos resíduos que possam servir de matéria-prima para novos produtos.
As atividades executadas nos laboratórios, na produção de medicamentos e nas áreas de escritório geram uma diversidade de resíduos (tabela 1), desde os comuns até os que apresentam periculosidade. Funcionários dedicados exclusivamente para a coleta dos diferentes tipos de resíduos gerados são devidamente treinados para que não ocorram acidentes no manuseio e transporte destes resíduos.
Tabela 01: Resíduos gerados na FUNED
| Grupo | Tipo do Resíduo | Exemplos |
| A (A1, A2 e A4) | Biológicos | Resíduos de pesquisas e exames biológicos. |
| B | Químicos | Produtos químicos sólidos ou líquidos |
| D | Comuns | Recicláveis ou não recicláveis |
| E | Perfurocortantes | Podem ter contaminação química ou biológica |
Após a coleta desses resíduos, eles são encaminhados para abrigos temporários instalados na própria Funed e separados de acordo com suas características, são pesados e acondicionados até o momento da coleta e transporte para o tratamento e/ou disposição final que consiste na disposição do resíduo no solo previamente preparado para recebê-lo, segundo a Resolução do CONAMA nº237/97.
Há certos tipos de resíduos que podem ser reaproveitados como alguns reagentes em desuso ou vencidos. Eles são encaminhados para a Bolsa de Produtos Residuais, uma espécie de almoxarifado, para que sejam disponibilizados para as áreas que precisam dos reagentes ou até mesmo doar para outros locais, como escolas e faculdades para realizarem suas aulas de laboratório.
A Funed desenvolve a coleta seletiva, disponibilizando kits de coleta por toda a fundação. Os resíduos recicláveis são encaminhados para uma cooperativa, onde são separados e encaminhados para indústrias para transformá-los em novos produtos. Esta atividade contribui para a diminuição no descarte de resíduos e na contribuição para o sustento de várias famílias que dependem deste ramos de atividade.