Efluentes líquidos são resíduos gerados a partir de atividades humanas diversas, podendo ser domésticas ou industriais, que podem afetar o meio ambiente. A Funed gera dos dois tipos: os domésticos, originados pelo uso de pias, lavabos e vasos sanitários e os industriais: provenientes das atividades nos laboratórios e na produção de soros e medicamentos.
Diante da situação dos efluentes da empresa/instituição a ser estudada (situação ambiental), devem ser estabelecidas metas para o melhoramento no controle da emissão dos efluentes, bem como seu tratamento. Deve-se ter em mente que cada setor gera resíduos a uma quantidade diversificada, de acordo com suas atividades, e, cada caso deve receber uma devida atenção.
A Funed aderiu ao programa Precend (Programa de Recebimento e Controle de Efluentes para Usuários não Domésticos), criado pela Copasa (Companhia de Saneamento de Minas Gerais) para apresentar às empresas uma alternativa ambiental mais favorável no lançamento de seus efluentes. Por ser geradora de efluente não doméstico, a fundação tem o compromisso de apresentar bimestralmente as características dos efluentes gerados. O SGAmb também desenvolve atividades com o objetivo de orientar os servidores quanto à importância da destinação correta de substâncias potencialmente poluidoras no efluente gerado na instituição. Além disso, são realizados treinamentos com os servidores a respeito do consumo consciente de água.